珊瑚会发出着黄色、橙色和红色的光芒，为共生海藻的生长提供良好的光线。生长在红海中的浅海珊瑚是绿色的。但海洋学家发现，在水深50~60米处，有部分珊瑚呈现出令人目眩的黄色、橙色或红色。
英国汉普郡大学分子生物学家Joerg Wiedenmann 说这是首次发现色彩如此明亮的深海珊瑚。此外，他还说由于珊瑚有目的地使用了荧光蛋白，不同水深的珊瑚会相应地呈现不同颜色。其团队于6月24日在PLoS ONE发表了这项研究发现。
在浅海，珊瑚的荧光蛋白像防晒霜一样保护着它的共生海藻——虫黄藻，而虫黄藻通过光合作用给珊瑚提供食物。珊瑚的荧光蛋白可以吸收有害的紫外线，然后发出绿光。但是在阳光难以到达的深海区，珊瑚就会发出红黄橙色的光以便为海藻提供更充足的光线来进行光合作用。Wiedenmann说“这些荧光蛋白很可能是帮珊瑚改善深海光照条件的。”
实验研究发现部分珊瑚的色素产生于完全黑暗的环境。这恰好证实了深海珊瑚色素是用来帮助动物应对弱光环境的。如果这个假设成立，“那么对这种机制的研究，将有助于我们了解珊瑚适应其它各类环境的原理。”加州拉霍亚的斯克里普斯海洋研究所珊瑚礁生态学家David Kline说道。
深水区的珊瑚礁同样有助于研究。Wiedenmann说：这些珊瑚礁能够产生天然荧光色素。这些色素可以在生物医学成像标记方面加以应用。值得注意的是，研究人员发现了多种红色荧光蛋白。红光的波长更长，能够有效地穿透细胞和组织，呈现出更加清晰的图像。这将对成像研究非常有帮助。但另有研究发现，在夏威夷海域的深海珊瑚中，只存在青色和绿色荧光蛋白。
