水族造景中常常用到两种细菌，一种是硝化细菌，另一种则是光合细菌。
一、引进细菌的作用
将一些净化水质的细菌引进水族箱，是一件简单而有效的净化水质的方法，对于目前盛行的家庭饲养观赏鱼等生物提供了极其方便的水质管理方式，颇受水族爱好者喜爱。但在使用这类产品时，也必须注意若干问题，以免降低了预期效果。
一般而言，只有在使用环境和使用对象符合细菌的生理、生态特性时，才能发挥其净水作用。否则，很难获得预期效果。为了能让这些有益的细菌细菌充分发挥净水作用，在使用上，通常必须注意下列问题：
1.水中有有机污染源
净水细菌是靠水中有机污染而存活的，如果因为水中没有污染源存在，它们就无法长期生存。因此，在新水阶段就加入细菌是否有效，是值得研讨的。
2.勿与消毒杀菌药剂同时使用
为了避免净水细菌被杀灭，切记勿与消毒杀菌药剂同时使用，如果必须使用杀菌药剂或治疗鱼病的药剂，需等药物使用至少一星期以上再进行使用净水细菌。
3.要注意调整适合细菌生长的温度
在净水细菌的使用过程中，能有效地控制在最适宜的水温条件下，当然其发挥的效果也是最理想的。例如：光合细菌在23-29℃的范围内均能正常生长繁殖，当水温低于23℃时，它们的生长逐渐停滞，因此低于23℃的水族箱使用这类细菌效果较差。
4.要注意调整适合细菌生长的pH值
在净水细菌的使用过程中，必须注意水质酸碱度pH的变化。例如：淡水硝化细菌在pH值等于中性时的效果最佳，在酸性水质中效果最差，因此若能将水族箱中的水质调整至中性或弱碱性，它的净水效果会好一些。而光合细菌在pH值8.2-8.6的水质中最具效果，所以它比较适合用于海水水族箱中的使用。
5.要注意细菌之间的共容性
若要同时放养不同的净水细菌应该注意细菌之间的共容性。例如：硝化细菌和光合细菌并不适合同时放养在同一水族箱内，因为它们净化水质的过程互有抑制作用，可能会降低其净化效果。
6.要为细菌提供足够的可居住空间
如果只让细菌生活于水族箱中可能无法满足其繁衍上的需要，这会严重限止细菌的数量使其无法增加。因此，我们应该配合生化过滤系统为细菌细菌再创造更多的可居住空间供它们繁衍，以期待它们加速降低有害物质以及加强它们分解能力。
二、硝化细菌的特性和用途
硝化细菌，俗称：A菌、硝化菌。适用于各种海、淡水的水质处理辅助。
水族箱中如果没有硝化细菌的存在，必然会面临氨含量的激增的危险，不论您采用何种方法或任何水族用品用品都不能彻底解决这个问题。当水中的氨浓度达到水族生物致命浓度时，对于任何一种水族生物而言，结果可能都是一样的–那就是死亡，这时您一定会心疚不已。但如果水中含有足够数量的硝化细菌为您不断地解除水中的氨，则整个水族生态平衡系统的稳定性将获得确保，并使水族生物安全地生活于水族箱中。
硝化细菌是一种好氧细菌，能在有氧气的水中或砂砾中生长，并在氮循环水质净化过程中扮演着重要的角色。它们包括形态互异类型的一种杆菌、球菌以及螺旋型细菌，属于绝对自营性微生物的一类，包括两个完全不同代谢群：
1.亚硝酸菌属（Nitrosomonas）：在水中生态系统中将氨消除（经氧化作用）并生成亚硝酸的细菌类；亚硝酸菌属细菌，一般被称为“氨的氧化者”，因其所维生的食物来源是氨，氨和氧化合所生成的化学能足以使其生存。
2.硝酸菌属（Nitrobacter）：可将亚硝酸分子氧化再转化为硝酸分子的细菌类。硝酸菌属细菌，一般被称为“亚硝酸的氧化者”，因其所维生的食物来源是亚硝酸（但也不一定是亚硝酸，其他有机物亦有可能），它和氧化合可产生硝酸，所生成的化学能足以使其生存。
因这些硝化细菌能将水中的有毒的化学物质（氨和亚硝酸）加以分解去除，故有净化水质的功能。不过需要注意：硝化细菌在水质pH中性、弱碱性的环境下发挥效果最佳，在酸性水质中发挥效果最差。
水族市场出售的活性人造硝化细菌为一种雾状溶液，含有高浓度活生生的硝化菌。在显微镜下观察，每一滴溶液中所含的活菌数目多得难以计数。
硝化菌加入水族箱后，只要水质中的氨的浓度足够，它们就可在砂床以及过滤系统中生长繁衍，并发挥它们净化水质的生物功能，先将高毒性的氨氧化为低毒性的亚硝酸盐，又将亚硝酸盐再次氧化为更低毒性的硝酸盐。硝酸盐为水草的最佳氮肥，可作为水草的营养源。如此一来，水族生物便可以生活在一个无氨污染的环境中，水草也因获得这些氮肥而能顺利生长。
硝化菌是一种好氧性细菌，必需在有氧气的状态下才能生存，如果将它们密封于瓶中储藏，它们是不可能长久生存的。此外，储藏瓶中的食物（有机氮化合物）有限，因此也不能长久供应它们生存上的需求。一般情况下，硝化菌仅仅只能够在瓶中储藏3个月左右就会相继死亡，所以在购买的时候要特别注意产品的有效性是否过期。
另外，在使用前摇晃均匀，并注意不要与消毒性药剂或抗生素一起使用，使用后冷藏可延长有效使用期。
三、光合细菌的特性和用途
光合细菌，俗称：B菌、光合成红菌。适用于各种海水的水质处理辅助。
光合细菌是一种水中微生物，因具有光合色素，包括细菌叶绿素和类胡萝卜素等，而呈现淡粉红色，光合细菌能在厌氧和光照的条件下，利用化合物中的氢并进行不产生氧的光合作用。
光合细菌可以在某种污染环境下生存，并担负着重要的净化水质的角色。但只有在生存生存环境和污染物质符合其生理、生态特性时，才会发挥其作用，否则很难获得预期。例如在无光或者有氧环境下，光合细菌就很难发挥效果。
在水族箱中由于高密度养殖，投饵不当造成的饵料过剩堆积、水族生物的排泄物等等，往往会造成底砂床有机物堆积过多，而使底砂床受到严重的污染。经底砂床上的微生物将有机质分解，会释放出一些对水族生物有毒的物质，例如：氨、亚硝酸及硫化氢等等。当这些分解产物的浓度增加时，就会导致水族生物中毒死亡。
水族箱中若存在光合细菌，它将那些有机质或硫化氢等物质加以吸收利用，而使耗氧的异营性微生物因缺乏营养而转为弱势，因而降低发生有毒分解产物的机会，同时，底质中的水质借以得到净化，而促使养殖的水族生物的健康成长。
目前，水族市场出售的光合细菌，主要是光能异营型红螺菌科（Rhodospirilaceae），特别是其中的红假单细胞属（Rhodopseudomonas）的种类。这种光合细菌在不同的环境条件下，能以不同的代谢方式，有效地净化水质。需要注意：光合细菌在水质pH8.2-8.6的环境下发挥效果最佳，因而比较适合在海水水族箱中使用。
同时需要注意：硝化细菌和光合细菌并不适合同时在同一水族箱中使用
