1.物理方法：
物理除藻方法大体可分为工程除藻和直接物理除藻。
⑴工程除藻
主要是采用引水换水、底泥疏浚、围隔拦截等工程。
①引水换水 用“以清释污”方法对污染水体进行稀释，可以使水体富营养化关键性水质指标总磷和有机物污染指标、高锰酸盐指数浓度等有所下降。但对于蓄水量较大的水域，补水量太小起不到净化效果，而提高补水量又造成水资源的大量浪费，费用高昂。所以“引水释污”只是起到一个“治标不治本”暂缓效果，对于富营养化严重的湖泊，采用“引水释污”不是一个长久之计。
②底泥疏浚 “清淤挖泥”可减少积存湖内的大量有机碳、氮、磷等营养物质，增大湖的蓄水量，是减少内源性污染的有效途径和措施。但是大规模清淤，可能会破坏湖泊原有的生物种群结构和生境，削弱其自净功能，对生态修复带来负面影响。
③围隔拦截 只能限制蓝藻繁殖面积扩大，达不到治理蓝藻的效果。
⑵直接物理除藻
直接物理法除藻主要指机械清除、吸附、曝气和气浮、磁聚除藻、超声波和电磁波除藻、遮光、过滤、人工打捞等多种方法。
①人工打捞 人工打捞收获藻类是控制蓝藻总量最直接的方式，能有效减轻局部水华灾害，在收获藻类的同时起到输出营养物的作用，减轻藻体死亡分解引起的藻毒素污染。由于人工打捞收集手段落后，时间有限，导致效率低、费用高。
②机械除藻 机械除藻是将藻类从湖泊中移出的一种机械方式，一般应用在蓝藻富集区（借助风向、风力等将蓝藻围栏集中在某一区域）,采用固定式除藻设施和除藻船对区域内湖水进行循环处理，有效清除浮藻层，为化学或生物除藻等措施的实施创造条件，可以作为辅助措施。
③其他方法 目前的其他物理除藻方法也都存在效率低、成本高、不能大规模除藻等弊端，离实际应用还存在差距。例如用活性炭吸附，对藻类、藻毒素的去除效果很好，但水中的有机物会影响活性炭的吸附活性，在大面积范围内使用很难回收再生，处理成本就很高。深水曝气虽然能使湖底层水体中NH3、TP 浓度下降, 溶解氧（DO）浓度上升, 但叶绿素a含量却没有明显变化。磁聚除藻、超声波和电磁波除藻只适合水厂中小规模除藻，推广困难，不能解决湖泊的富营养和藻类污染问题。
2.化学方法：
目前，常用的杀藻剂主要有硫酸铜、高锰酸盐、硫酸铝、高铁酸盐复合药剂、液氯、ClO2、O3 和H2O2 等。利用化学杀藻剂除藻无疑是一种效果显著、见效快的有效途径,但这仅仅也是一种治标方法，必须慎重使用。一是用化学杀藻剂除藻后的蓝藻尸体仍留在水体中，并不断释放藻毒素；二是化学杀藻剂本身往往都存在毒副作用，造成二次污染，对水体生物影响很大，使用化学药剂后的河道不利于生物恢复；三是使用化学杀藻剂仅能在短时间内对水体中藻类有控制作用，由于不能彻底杀灭，时隔不久又死灰复燃，有时甚至变本加厉，对水体将是一种恶性循环。可以说，运用化学方法治理河道是“饮鸩止渴”。国家已经限制化学方法在河道治理中的使用。
3.生物方法：
生物方法治理蓝藻原理：
利用蓝藻生物抑制剂快速抑制蓝藻的生长繁殖。它是从自然环境里筛选出来的对蓝藻生长有抑制效果的微生物经过驯化培养而成。极易溶解在水中，能快速扩散到蓝藻细胞表面，并渗透到细胞内部破坏细胞功能性蛋白基团，使细胞蛋白质合成受到抑制，细胞正常代谢终止，最终控制蓝藻生长。
特点1——高效抑制
抑制蓝藻生长能力很强，针对已经暴发蓝藻水华的水体，该生物制剂对蓝藻具有90%以上的抑制效果。
特点2——施工简便，原位治理
采用生物法治理河道过程中使用的设备简单，不需要大量人力进行打捞蓝藻，即无需将蓝藻转移出水体，即可在水体内通过生化反应消解蓝藻及藻毒素。所以施工方便，操作简单，并且不会产生噪音，不影响周围居民的正常生活。
特点3——产品绿色、环保、无公害
①生物产品不燃、不挥发、绿色、安全、无毒，无二次污染。
②配伍性好，该抑制剂由于无毒副作用，因此，可与其它生物制剂配合使用，具有协同增效作用。
③生物降解性极佳，该抑制剂在水体中抑制蓝藻生长以后，不会有残留。
注意：有些生物制剂是除草剂和抗生素冒充，会破坏水体环境，请谨慎识别生物产品
4.生物-生态修复技术
生态—生物方法是近年来发展起来的一种新型环境生物技术。这类技术主要是利用微生物、植物等生物的生命活动，对水中污染物进行转移、转化及降解作用，从而使水体得到净化，创造适宜多种生物生息繁衍的环境，重建并恢复水生生态系统。由于这类技术具有处理效果好、工程造价相对较低、不需耗能或低耗能、运行成本低廉等优点。同时不向水体投放药剂，不会形成二次污染，还可以与绿化环境及景观改善相结合，创造人与自然相融合的优美环境，因此已成为水体污染及富营养化治理的主要发展方向。
生态—生物修复技术包括：微生态系统修复技术、人工湿地技术、浮岛技术、植物操控技术，生态护堤技术，生态复氧技术、生态清淤技术、水生动物恢复和重建技术等。在实际工程应用中，可按照水体污染程度，水环境现状及水体功能等考虑选用不同的技术组合，以呈现生态效益和经济效益双赢。